Balto dan pasangannya Jenna mempunyai sebuah keluarga yang baharu terdiri daripada enam ekor anak anjing. Lima daripada anak anjing mereka kelihatan seperti ibu husky mereka, sementara seekor anak anjing bernama Aleu sejelasnya kelihatan seperti bapa anjing serigalanya. Apabila mereka semua mencapai umur lapan bulan, semua anak anjing itu diambil ke rumah baharu, tetapi tiada yang menghendaki Aleu. Aleu tinggal dengan bapanya, Balto. Setahun kemudian, selepas dia hampir dibunuh oleh seorang pemburu, Balto memberitahu Aleu tentang kebenaran tentang warisan serigalanya. Dengan marah dan sedih, dia melarikan diri berharap untuk mencari tempatnya di dunia.

Pada masa yang sama, Balto bergelut dengan mimpi yang pelik tentang seekor burung raven dan sekawanan serigala dan dia tidak boleh memahami maknanya. Dia bertemu dengan makhluk bermisteri, seperti seekor rubah yang licik, setigaan wolverin yang mengejeknya, burung raven panduan yang sama dari mimpinya, dan seekor beruang perang yang berang yang tiba-tiba hilang seperti tidak pernah berada di situ.

Semasa perjalanan, temannya Boris, Muk dan Luk berharap untuk menjumpai Balto, tetapi mereka dihentikan oleh kuasa yang tidak diketahui. Mereka kemudian sedar bahawa perjalanan ini untuk mencari Aleu bermakna untuk bapa dan anaknya sendiri.

Aleu, selepas berteduh di sebuah gua, bertemu dengan tikus padang yang dipanggil Muru yang menyedarkan Aleu bahawa bahagian serigalanya tidak teruk sangat. Muru mengajar Aleu bahawa semua mempunyai panduan semangat. Selepas menyanyikan lagu "Who are you?", sebenarnya Muru ialah panduan semangat Aleu.

Apabila Aleu dan Balto bersatu semula selepas nyaris-nyaris melarikan diri dari beruang tersebut, Aleu menyedari dia telah memperoleh kebolehan pelik yang membolehkannya melihat fikiran beruang itu. Aleu mula membesar, memberitahu bapanya bahawa dia tidak akan pulang ke rumah sehingga dia mengetahui siapa dirinya. Kedua-duanya terus berjalan mengikuti burung raven itu ke sekawanan serigala yang lapar di tepi lautan. Mereka diketuai oleh seekor serigala tua bernama Nava, yang mempunyai kuasa magis dan boleh berhubung dengan serigala putih bermisteri Aniu dalam "pandangan mimpi"nya. Dia memberitahu kawanannya bahawa pada satu hari kemudian, mereka akan dikeuai oleh seekor ketua baharu, "yang merupakan serigala tetapi tidak tahu". Semua percaya bahawa Balto, yang separuh serigala dirinya, merupakan yang terpilih yang diperkatakan oleh Aniu. Walau bagaimanapun, Niju (seekor serigala muda) berharap bahawa dia akan menjadi ketua seterusnnya kerana dia yang terkuat dan lebih berkuasa daripada Nava yang tua dan bijaksana. Dia merancang untuk mencapai itu dengan pengikutnya Nuk, Yak dan Sumac.

Harinya tiba untuk berlepas dari rumah mereka untuk mengikut karibu, sumber makanan serigala, menyeberangi laut luas menggunakan pecahan ais seperti jambatan, dengan Balto sebagai ketua. Apabila Nava terpisah daripada selebih kawanan, Aleu menyertainya untuk membantunya ke seberang, tetapi terserempak dengan Niju, yang sedia mengambil nyawa ketua yang tua itu dan serigala kacuk yang muda juga. Balto meninggalkan kawanan itu untuk menyelamatkan anaknya, tetapi sebelum sesiapa sakit, mereka sedar bahawa kawanan itu mengapung lebih jauh, tanpa ketua. Nava tidak boleh merenangi air itu kerana umur tuanya, maka Balto memberitahu Niju untuk menjadi ketua mereka yang baharu dan untuk berenang kepada kawanan itu tetapi Niju enggan meninggalkan tanah airnya. Balto bersedia untuk membantu kawanan itu, tetapi Aleu sedar bahawa inilah tempatnya yang sebenar. Dia berenang ke kawanan itu untuk menjadi ketua kawanan itu sebaik Nava pulang ke rumahnya untuk mencari Niju. Sebaik Balto hendak pulang ke Nome, burung raven itu memperlihatkan dirinya yang sebenar sebagai serigala putih agung, Aniu, yang merupakan ibu Balto.